Der Jipe-See erhält seinen Hauptzufluss vom Kilimanjaro über den Lumi-Fluss, der von Tansania nach Kenia fließt. Ein weiterer Hauptzufluss erfolgt über den Fluss Muvulani aus dem Pare-Gebirge. Mehrere temporäre Bäche, die aus dem Pare-Gebirge entspringen, münden ebenfalls im Jipe-See. Der Ruvu-Fluss der sich in Tansania südlich des Lumi-Flusses befindet, bildet den Abfluss aus dem Jipe-See.
Der Zusammenbruch der Fischerei am See ist auf Veränderungen der Wasserqualität (Anstieg des Salzgehalts und der Trübung, die von den Ufergemeinden gemeldet werden), der Brut- und Aufzuchtumgebungen, Zunahme der Verschlammung aufgrund erhöhter menschlicher Aktivitäten in den Einzugsgebieten, zurückzuführen. Ein höheres Aufkommen von Südlichen Randkolben (Typha domingensis) dominiert die Makrophyten. Die Randkolben erleichtern einen sinkenden Seespiegel und/oder starke Verschlammung des Sees, woraus ein verminderter Zufluss des Jipe- Sees resultiert. Zusätzlich findet aufgrund erhöhter Wasserentnahme in den Einzugsgebieten und/oder Beeinträchtigung der anfänglichen Wasserströmungsmuster in den See durch starke Verschlammung in den Feuchtgebieten an der Mündung des Flusses Lumi statt. Ein Verschwinden der ursprünglichen Euhydrophyten wie Seerose und Wassersalat, möglicherweise aufgrund einer sich verändernden Wasserqualität und eines offensichtlichen Rückgangs der Vielfalt und Anzahl der Avifauna, gehören zu den größten Herausforderungen, denen sich der Jipe-See stellt.