Das westlich gelegene Becken erhält die Schmutzlast, die aus der Hauptstadt sowie dem gesamten Einzugsgebiet über den Fluss Villalobos eingebracht wird. Dies sind ca. 75.000 Tonnen an gelösten Stoffen jährlich, unter anderen auch Düngemittel, welche eine starke Nährstoffanreicherung (Eutrophierung) zur Folge haben. Des Weiteren gelangen durch den Fluss große Mengen an Sedimenten (ca. 500.000 Tonnen jährlich) in diesen Teil des Sees, wodurch das Becken jährlich 70 cm an Tiefe verliert. Aus diesem Becken fließt der Fluss Michatoya ab, dessen Wasser in einem Wasserkraftwerk zur Stromerzeugung genutzt wird.
Der gesamte See unterliegt direkt den negativen Einflüssen des rasanten Wachstums im Einzugsgebiet der Hauptstadt. Die wichtigsten Bedrohungen sind hierbei:
- Hohes Bevölkerungswachstum
- Abholzung von Wäldern für Brennholz
- Intensive Landwirtschaft in Ufernähe
- Industrielle Entwicklung im Einzugsgebiet und die daraus resultierende Abwasserbelastungen
- Überfischung
Der Amatitlán See mit seinen ihn umgebenden Tälern, Bergen und Vulkanen bildet eine einmalige Landschaft, die von vielen Menschen als Erholungsgebiet genutzt wird.
Funde belegen, dass die Region um den Amatitlan See schon seit 2.000 v. Chr. besiedelt ist. Die Stadt Amatitlan wurde im Jahr 1536 gegründet und wuchs rasch. Seit der Kolonialzeit war der Amatitlan See ein Fischereizentrum. Das Einzugsgebiet des Sees war die bedeutendste Region für die Gewinnung von echtem Karmin (E 120), bevor dieser Farbstoff chemisch hergestellt wurde. Das Seewasser wurde seit langem von Haushalten, zur Bewässerung und der Industrie genutzt. Im Jahr 1800 lag die durchschnittliche Tiefe des Sees bei 33 m, im Jahr 1996 bei nur noch 18 m.