Im Wilson Inlet ist eine Vielzahl an Fischen beheimatet: Sprotte (Hyperlopus vittatus), Welsart (Cnigoglnis macrocephalis), Goldbrasse (Chrysophrys auratus), Meeräsche (Mugil cephalus) und Makrele (Scomber australasicus).
Eine große Artenvielfalt an Wasservögeln kommt in und am Wilson Inlet vor: Brillenpelikan (Pelecanus conspicillatus), Schwarzscharbe (Phalacrocorax sulcirostris) und Australische Zwergscharbe (Phalacrocorax melanoleucus), Trauerschwan (Cygnus atratus), Weißkehlenente (Anas gibberifrons), Halbmondlöffelente (Anas rhynchotis), Schwarzkinn-Ruderente (Oxyura australis), Rotkopf-Säbelschnäbler (Recurvirostra novaehollandiae) und Rotschnabelmöwe (Larus novaehollandiae).
Rund um das Wilson Inlet leben auch viele Arten von Landvögeln, Säugetieren und Reptilien. Vögel wie Graurücken-Brillenvogel (Zosterops lateralis), Gelbwangensittich (Platycerus icterotis), Weißaugen-Honigfresser (Phylidonyris novaehollandiae), Eulenschwalm (Podargus strigoides), Ringsittich (Barnardius zonarius), Blauscheitellori (Glossopsitta porphyrocephala) und Rotkappensittich (Purpureicephalus spurius) haben hier ihre Heimat. Gelbfuß-Beutelmaus (Antechinus flavipes), Honigbeutler (Tarsipes rostratus) und Schmalfuß-Beutelmaus (Sminthopsis griseoventer) sind Säugetiere, die im Umland von Wilson Inlet leben. Auch Reptilien wie Australische Scheinkobra (Pseudodonaja affinis) und Tigerotter (Notechis sscutatus) sind hier anzutreffen.
Das Hauptproblem des Wilson Inlet ist die Eutrophierung durch Nährstoffanreicherung aus der Landwirtschaft und Siedlungen. Als Hauptquelle gilt die Anwendung von Kunstdünger auf Weideland und Feldern sowie die intensive Tierzucht. Es gibt eine Reihe weiterer negativer Einflüssen bezüglich Entwicklung und Umwelt am Wilson Inlet, besonders die Uferzone und das Einzugsgebiet sind durch die Küstenentwicklung, Unkraut, den Einsatz von Pestiziden in der Land- und Forstwirtschaft, etc. beeinträchtigt. Ruppia megacarpa ist die im Wilson Inlet am häufigsten vorkommende Unterwasserpflanze. Dieses Seegras ist für manche ein großes Ärgernis, andere, einschließlich Wissenschaftler, betrachten es als lebenswichtigen Teil des Flussmündungsökosystems sowie als wichtigen Lebensraum und Laichplatz für Fische. Wilson Inlet ist von regionaler und nationaler Bedeutung und wurde von Wissenschaftlern in den vergangenen 15 Jahren intensiv erforscht.