Ein zentrales Thema der Stiftung ist die Stärkung des Umweltbewusstseins, insbesondere durch Umweltbildung. Junge Volontäre haben die Möglichkeit, sich in bestimmten Projekten zu engagieren und ihr Verantwortungsbewusstsein für den eigenen Konsum, das klimafreundliche Verhalten und ihr politisches Agieren zu schulen.
In ihrer Naturschutzarbeit konzentrieren sie sich mehr und mehr auf die Einrichtung und Förderung von Schutzgebieten. Das Engagement reicht von kleinen Projekten, die wichtige Aufgaben in bestehenden Schutzgebieten erfüllen, bis zu langfristigem Einsatz für deren Neuausweisung und deren Vernetzung.
Das höchste Ziel ist die freie Entwicklung ungestörter Natur sowie die Vernetzung wertvoller Lebensräume, z.B. für Zugvögel in Ramsar-Schutzgebieten. Aber auch die vom Menschen geprägten Lebensräume sind mancherorts besonders erhaltenswert und lassen sich z.B. im Konzept großflächiger Biosphärenreservate schützen.
Die Manfred-Hermsen-Stiftung unterstützt das Projekt „Armutsbekämpfung, Wiederaufforstung und nachhaltige Landwirtschaft im Hochland von Guatemala“.