Gefährdung
Der Plauer See ist vor allem durch die ungebremste Entwicklung der touristischen Infrastruktur, Siedlungstätigkeit sowie den zunehmenden motorisierten Bootsverkehr gefährdet. Letzterer, die Einrichtung der Wasserskistrecke und der Einsatz von Wasserflugzeugen führen in den Sommermonaten zu einer verstärkten Verlärmung des Sees. Durch die steigenden Zahlen der Schleusungen von Booten entlang der Bundes-wasserstraße sind die Schwankungen des Wasserstandes im See beträchtlich, sie liegen zwischen 40 und 60 cm im Jahresgang. Dies hat negative Auswirkungen auf die im Sommer z.T. trockenfallenden Moore im Randbereich des Sees.
An zahlreichen Uferabschnitten werden Baugebiete ausgewiesen, mit denen es nach Auffassung des BUND Mecklenburg-Vorpommern zu Beeinträchtigungen der Schutzziele der NATURA-2000- und der nationalen Schutzgebiete kommt. Die Ausweisung von Baugebieten in sensiblen Uferbereichen führte und führt zu Herausnahmen der betreffenden Flächen aus den Landschaftsschutzgebieten, zu Flächenentzug, Zersiedlung, Zerstörung von Lebensräumen für bedrohte Tiere und Pflanzen sowie zunehmender Beunruhigung der Wasserflächen. Die Landesregierung setzte zudem mit einem neuen Naturschutzausführungsgesetz den Uferschutzstreifen der Seen des Landes von bisher 100 Meter auf 50 Meter herab. In diesem Uferschutzstreifen sind Bautätigkeiten untersagt, werden aber regelmäßig durch Ausnahmen zugelassen. Auch stellen die jeweils notwendigen FFH-Verträglichkeitsgutachten regelmäßig keine erheblichen Beeinträchtigungen der Schutzgebiete fest. Die Fläche (Nr. 9) des B-Plans "Leistener Lanke" wurde zudem eigens aus dem Europäischen Vogelschutzgebiet "Nossentiner/ Schwinzer-Heide“ SPA 55 herausgeschnitten.
In der jüngsten Vergangenheit wurden durch die Genehmigungsbehörden gegen den Widerstand von Umweltverbänden folgende Bauvorhaben im Bereich sensibler Uferzonen und teilweise im baurechtlichen Außenbereich unter Herausnahme von Flächen aus den Landschaftsschutzgebieten genehmigt:
Landkreis Parchim