Der Winnipegsee liegt in der kanadischen Provinz Manitoba und erstreckt auf einer Fläche von insgesamt 24.400 km², wobei diese Fläche in zwei Becken unterteilt ist. Das nördliche Becken hat eine Breite von 100 km und das südliche eine Breite von 40 km. Beide Becken sind über einen 2,5 km langen und engen Kanal, dem sog. The Narrows, miteinander verbunden. Der Winnipegsee ist der zehntgrößte Frischwassersee (bezogen auf die Fläche) weltweit und hat eine Ausdehnung von Nord nach Süd von 416 km.
Der Süßwassersee liegt auf einer Höhe von 218 m über dem Meeresspiegel ziemlich genau in der Mitte von Kanada und ist mit einer durchschnittlichen Tiefe von 12 m relativ flach. Entstanden ist der Winnipegsee aus dem riesigen prähistorischen Agassizsee, der am Ende der letzten Eiszeit durch das Abtauen der Gletscher entstand. Der Agassizsee verlor innerhalb von 3.000 Jahren den größten Teil seiner Wassermengen und hinterließ mehrere Seen, von denen der der Winnipegsee der größte ist.
Die wichtigsten Zuflüsse sind The Red River, der Saskatchewan und der Winnipeg River, die insgesamt 70 % des zufließenden Wassers in den See speisen. Der Nelson River fließt aus dem Winnipegsee in die Hudson Bay. Seit den 1970-er Jahren wird der Abfluss über das Wasserkraftwerk Jenpeg reguliert, das am Seeausgang zum Nelson River gebaut wurde. Auch 65 % des zufließendes Wassers gelangen über Wasserkraftanlagen in den Winnipegsee.
Neben der Energiegewinnung spielt auch der Fischfang eine wichtige Rolle in der Region. Im Winnipegsee gibt es eine Vielzahl an heimischen Fischen, unter ihnen Glasaugenbarsch (Sander vitreus) und Quappe (Lota lota). Drei Fischarten wurden in den See eingeführt: Arktischer Stint (Osmerus mordax), Karpfen (Cyprinus carpio) und Weißbarsch (Morone chrysops). Ob und welche Auswirkungen sie auf die heimischen Fischpopulationen haben, ist noch nicht eindeutig nachgewiesen.
Durch die um den See angesiedelte Landwirtschaft (riesige Getreidefelder) stiegen in den vergangenen Jahrzehnten die Einträge an Phosphaten und Nitraten, was zu einem immensen Algenwachstum mit all seinen negativen Folgen für die Wasserqualität und die biologische Vielfalt im See führte. Riesige Algenteppiche wurden während der Sommermonate an die Ufer gespült.
Seit dem Jahr 2002 wurden 60 Messstationen im See eingerichtet, in denen regelmäßig physikalische und chemische Parameter sowie biologische Gemeinschaften erfasst werden. Das Lake Winnipeg Research Consortium arbeitet eng mit Universitäten, Unternehmen, Haus- und Bootbesitzern, Fischern, Ureinwohnern sowie mit den Behörden Kanadas und Manitobas zusammen.
