236 Vogelarten sind hier zu finden, darunter 12 endemische Arten: u. a. Rosenwaldsänger (Ergaticus versicolor), Braunrückenklarino (Myadestes occidentalis), der Nationalvogel Guatemalas Quetzal (Pharomachrus mocinno), Laucharassari (Aulacorhynchus prasinus), Atitlantaucher (Podylimbus gigas), Cabanis-Tangare (Tangara cabanisi) und Zapfenguan (Oreophasis derbianus). Viele Zugvögel nutzen den Atitlán-See als Winterquartier: Bindentaucher (Podylimbus podiceps), Schwarzkopf-Ruderente (Oxyura jamaicensis) und Amerikanisches Bläßhuhn (Fulica Americana).
Der einzigartige Artenreichtum spiegelt sich auch bei den Säugetierarten wider, von 141 Arten sind 7 endemisch: Guatemala-Hirschmaus (Peromyscus guatemalensis), Geoffroy-Klammeraffe (Ateles geoffroyi) und der Baumbewohnende Ameisenbär: Nördlicher Tamandua (Tamandua mexicana). Viele der zuvor genannten Arten stehen auf der Roten Liste.
Am Atitlán-See leben noch heute drei Maya Volksgruppen: die K´iche´e leben in den höheren Regionen, die Kaqchikel im Norden und Osten sowie die Tz´utujil im Süden. Die alten Traditionen sind bis heute bewahrt worden und existieren in einem religiösen Synkretismus mit christlichen Ritualen, die in der spanischen Kolonialzeit eingeführt wurden.
