La abundancia de peces es una fuente importante de ingresos para los residentes en el lago. Entre las especies de peces que aquí se pueden encontrar están la Tenca, la Anguila, la Carpa, el Lucio y la Percha. Especies de anfibios poco comunes, como el Tritón alpino de cresta, y reptiles viven en Lago Trasimeno.
Muchas aves migratorias invernan en el Lago Trasimeno, entre las cuales se encuentran la Garcilleja cangrajera, la Garza imperial, el Mirasol pequeño, el Martín pescador, el silbón europeo, el Anade real, el Porrón moñudo, el Porrón pardo o el Somormujo lavanco. Algunas rapaces son el Aguila culebrera, el Aguila pescadora y el Búho real.
