Die beachtenswerte Fauna umfasst zahlreiche national gefährdete Amphibien- und Reptilienarten wie die Mexikanische Strumpfbandnatter (Thamnophis eques) und den endemischen Frosch Rana megapoda. Im Einzugsgebiet des Sees findet sich eine große Artenvielfalt: Hier leben Eidechsen, Gürteltiere, Kojoten, Waschbären, Beutelratten und Fledermäuse.
Die Ufervegetation ist durch Waldgebiete, Savannen, Halbwüsten und landwirtschaftlich genutzte Flächen geprägt. Die Pflanzenvielfalt reicht vom tropischen Regenwald bis zu einer Vielzahl an Blütenpflanzen wie z.B. Gilbweiderich.
Das Gebiet mit seinen geo-thermischen Quellen wird vor allem für Freizeitaktivitäten genutzt. Aus den Zuflüssen werden große Wassermengen für Privathaushalte, die Industrie und Landwirtschaft entnommen. Durch den Eintrag von Pestiziden aus der Landwirtschaft sowie ungereinigten Abwässern aus der Industrie und Privathaushalten ist die Qualität des Wassers in der Lagune stark gefährdet. Diese Eingriffe in den natürlichen Wasserhaushalt sowie Abholzungen sind zwei der größten Bedrohungen für die Unversehrtheit des Gebietes.
