El lago occidental recibe importantes cargas de contaminación procedentes de la capital, así como de la cuenca entera vía el río Villalobos. Estas suponen anualmente unas 75.000 toneladas de deshechos disueltos y también fertilizantes, causando una alta eutrofización. Otro hecho destacable es que este río transporta unas 500.000 toneladas de sedimentos hasta el lago, cuya consecuencia es la reducción de la profundidad del lago en unos 70 cm/año. El agua de estos lagos sale a través del río Michatoya, el cual es usado para la generación de energía hidroeléctrica.
Las amenazas más importantes son:
- Alto crecimiento de la población
- Deforestación para la extracción de leña
- Ganadería intensive en la costa
- Crecimiento industrial en la Cuenca y contaminación con aguas residuals.
- Sobrepesca.
El lago Amatitlan, con los valles, montañas y volcanes que lo rodean, forman un paisaje único, que lo convierte en zona de recreo para mucha gente.
Hay restos arquológicos que datan del año 2000 a.C.. El pueblo de Amatitlan fue fundado en 1536 y creció rápidamente. Desde la época colonial, el lago es un importante centro de pesca. Su cuenca era el luegar más importante para la producción de cochinea (E 120), el cual era la exportación principal cuando la industria química aún no había reemplazado este tinte natural. El agua del lago también se usa para usos domésticos, regadíos y actividades industriales. En 1800, la profundidad media del lago era de 33 metros, en el año 1996 era sólo de 18 metros.
