Gemäß einer Studie des IUCN (International Union for the Conservation of Nature, 2000) besitzt der Maduganga See eine einzigartige Biodiversität, in der verschiedene Vegetationsarten, wie die vorherrschenden Mangrovenwälder und Sumpfgebiete heimisch sind. Das Maduganga Feuchtgebiet besteht aus rund 10 Vegetationstypen, darunter ca. 300 Pflanzenarten, die 95 Pflanzenfamilien angehören. Insgesamt 19 Arten werden auf der Roten Liste Sri Lankas als bedroht aufgeführt, wie beispielsweise die endemische Shorea affinis und 9 invasive Arten.
Nicht zuletzt aufgrund der reichen Florenvielfalt leben in dieser Landschaft viele verschiedene Tierarten. Darunter sind Wirbellose, Reptilien einschließlich Schlangen, Vögel, Amphibien und Säugetiere. Während das Sumpfkrokodil (Crocodylus palustris) sowie der Blattaffe (Trachypithecus vetulus), der durch sein violettfarbenes Gesicht auffällt, als bedroht eingestuft werden, sind andere gefährdete Reptilien wie das Leistenkrokodil (Crocodylus porosus), die Indische Klappenweichschildkröte (Lissemys punctata) und die Indische Python (Python molurus) noch nicht in die Rote Liste aufgenommen.