Sólo unas pocas especies de mamÃferos viven en esta región, como la Vizcacha de las montañas, el cuy o cobaya salvaje y el lobo de los Andes. Algunas especies autóctonas de peces se encuentran amenazadas y su población disminuye debido a la introducción de la trucha por parte del hombre. La flora se encuentra representada por plantas acuáticas como la espadaña de hoja estrecha; es una planta con una base flexible y plana y tallo en forma de caña, que se utiliza en la fabricación de utensilios, casas e islas artificiales.
La contaminación bacteriológica y orgánica es causada por las actividades humanas, en particular por la minerÃa y los residuos urbanos. La mala recogida y tratamiento de las basuras supone la principal causa de contaminación orgánica en todas las zonas urbanas de la cuenca. La contaminación de metales pesados procede de las actividades mineras de la zona. La mayorÃa de las ciudades no tienen sistemas de tratamiento de aguas residuales apropiados, con lo que estas aguas residuales son vertidas tal cual, contaminando las aguas. La erosión y degradación del suelo está más controlada, por la importancia que tiene en los cultivos de la zona.
