El Lago Peipsi es un lago eutroficamente y biológicamente sumamente productivo. La amenaza principal amenaza para calidad del agua del lago es la eutrofización, que es causada por la alta carga nutritiva. La agricultura es la fuente principal de contaminación nutritiva de agua y la industria de la pizarra de aceite tiene una gran influencia a la salida del Lago Peipsi del Río Narva. Una parte de esta contaminación atraviesa el Río Rannapungerja directamente hacia el Lago Peipsi.
El lago es el recurso más importante para la industria pescadera y la reconstrucción. Peipsi es uno de los mejores lagos en Europa para la pesca comercial, con un total de capturas de 8,000 - 11,000 toneladas/año. La reserva de pescado en el Lago Peipsi es una de las más ricas en Europa. Además de la eutrofización,pesca elegal en el lago es una de las cuestiones medioambientales más problematicas para el lago.
