Ochenta y un por ciento del agua reunida en la cuenca se usa en la agricultura, esta superficie irrigada se ha quintuplicado en los últimos 50 años. El agua que entra en el lago, procedente del rÃo Lerma está altamente contaminada con metales pesados y otras sustancias tóxicas, debido al insuficiente tratamiento de las aguas desechadas. En los últimos 5 años la ribera del lago de Chapala se ha perdido 35,000 hectáreas. En este momento el lago tiene sólo 50 % de su capacidad. La profundidad del lago fue de 4.5 metros en épocas anteriores, actualmente es menor. La región en que se encuentra es una de las más erosionadas del paÃs.
Hasta ahora el lago no es suficientemente bien conocido a nivel internacional. Aun muchos mexicanos no parecen conocer la importancia y situación ecológica del lago.