Die Lagune ist in den letzten Jahren stark eutrophiert, d.h. es reichern sich Nährstoffe im Wasser an. Außerdem haben sich eingeführte Wasserpflanzen, wie die Wasserhyazinthe und eine Algenart, explosionsartig ausgebreitet. Ein weiteres Problem ist die unkontrollierte, illegale Jagd auf Wasservögel.
Die Partnerorganisation in Kolumbien erstellt derzeit fundiertes Datenmaterial. Seit 2003 werden an der Laguna Fúquene monatlich Vogelzählungen mit Schwerpunkt auf Zugvögel und endemische Vogelarten durchgeführt. Eine allgemeine Vogelzählung findet zur Weihnachtszeit seit dem Jahr 2001 statt.
Im Jahr 2002 wurde eine quantitative Bewertung des Bestandes an endemischen Wasservögeln durchgeführt. Dabei wurden am See selbst und seinen ihn umgebenden Sümpfen 86 Wasservögelarten registriert, von denen 26 Arten Zugvögel und 60 Arten heimische Vögel sind. Drei Arten der heimischen Vögel sind als endemisch einzustufen und die restlichen Arten kommen selten, gelegentlich oder unstet in diesem Gebiet vor.
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